حفظ و بدون مطالعه تدريس مىنمود و بيشتر درس او هم تفسير بود . سيد جعفر را تأليفاتى است در كلام و عرفان و سيروسلوك و اخلاق و من جمله « تحفة الملوك » كه به فارسى به نام فتحعلى شاه نوشته شده است . وفات او در سال 1267 در بروجرد اتفاق افتاد و او را چهار پسر بود : سيد يحيى و سيد مصطفى و سيد روح الله ( بفتح را ) و سيد ريحان الله كه اين آخرى از مجتهدين معروف طهران بود . نام فرزند دوم او را صاحب فارسنامه سيد مصطفى نوشته است ( فارسنامهء ناصرى ، ج 2 ص 178 ) . ( از ريحانة الادب استفاده شده است ) . فتنهء سيد يحيى در نيريز ( ص 63 - ص 38 چاپ اول ) از اهل داراب فارس و داراى خانوادهء وسيعى بود . در جوانى خوب تحصيل كرد و داراى فصاحت بيان و طلاقت زبان و قوت استدلال بود . شجاعت و قوت بازو را نيز با آنها جمع نموده و جاه‌طلب و داراى حب‌جاه و مال و مقام نيز بود و چون نتوانست به طريق عادى آنها را به دست آورد او نيز به فكر پيروى باب افتاد تا مگر از اين راه مرادش حاصل آيد . در 1260 به شيراز رفت و به آيين باب گرويد . آنگاه به بروجرد و نزد پدرش رفت و خواست پدر را تبليغ كند ، اما توفيق نيافت . در 1261 به اصفهان و از آنجا به اردستان و يزد رفت ، چه عائله‌اش در آنجا بودند و از يزد به طهران حركت كرد . در طهران كار او پيشرفتى نكرد و دوباره به شيراز رفت . اما به اخطار حسين خان نظام الدوله مجبور شد به يزد برگردد . از يزد مجددا به طهران و خراسان رفت و از خراسان به قزوين كه خواهرش در آنجا بود . از قزوين پياده براى ديدار باب به ماكو رفت و پس از بازگشت در قزوين و شهرهاى سر راه تا يزد آشكارا به تبليغ امر باب پرداخت و جمعى به دو گرويدند . از يزد به فسا رفت و از فسا به نيريز . در نيريز مردم بر حاجى زين العابدين خان حاكم خود شوريده بودند . او نيز از آنها طرفدارى كرد . حاكم را بيرون كردند و خود بر آنجا تسلط يافتند . از شيراز قوائى به سردارى مهر على خان ملقب به شجاع الملك به دفع او فرستاده شد و در دنبال آن مصطفى قلى خان قراگوزلوى اعتماد السلطنه بعدى هم مأمور دفع او شد . سيد يحيى و همراهانش تاب مقاومت نياوردند و پس از جنگى سخت و كشته شدن عده‌اى زياد سيد يحيى در شعبان 1266 تسليم شد و وقتى مىخواست به خانهء خود برگردد پسران على اصغر خان برادر حاجى زين العابدين خان ( حقايق الاخبار ، ج 2 ص 86 ) كه در جنگ كشته شده بود او را كشتند .